Seit der Umstrukturierung der Jugendabteilung gehören die Amateure des FC Bayern zum junior team. „Unser U23-Team ist die Spitze unserer Jugendausbildung“, sagt Werner Kern, der Leiter des junior teams. Als größte Erfolge galten lange die Amateur-Vize-Meisterschaft 1983 und 1987, der Regionalliga-Aufstieg 1994 sowie das Erreichen des DFB-Pokal-Achtelfinals 1994/95 und -Viertelfinals 1995/96. In der Saison 2003/2004 machten die Amateure dann ihr erstes Meisterstück. Sie dominierten die Regionalliga Süd von Beginn an und belegten letztlich hochverdient den ersten Platz. Im Jahr darauf (2004/05) erreichten sie erneut das DFB-Pokal-Viertelfinale. In der Saison 2007/08 qualifizierten sich die kleinen Bayern schließlich als Tabellenachter für die zur folgenden Spielzeit neu eingeführte Dritte Liga und belegten am Ende der Saison 2008/09 einen hervorragenden 5. Platz. Nach einem guten 8. Platz in der darauffolgenden Saison hatte der FCB II 2010/11 viel mit Verletzungspech zu kämpfen und stieg am Ende ab. In der Saison 2011/12 treten die kleinen Bayern somit in der Regionalliga Süd an.