Der FC Bayern hat 1995 seine Jugend-Abteilung umstrukturiert und das junior team gegründet. Neben der Zweiten Mannschaft, die seit der Saison 2011/12 in der Regionalliga Süd spielt, gehören elf Jugend-Mannschaften, die von insgesamt 26 Ausbildern betreut werden, zum junior team. Ab den D-Junioren spielt das junior team ein einheitliches Spielsystem, das vereinfacht als 4-4-2 beschrieben werden kann.

Die absoluten Leistungsbereiche (A- und B-Junioren) trainieren sechsmal die Woche. Auswärtigen Talenten bietet der FC Bayern auf dem Vereinsgelände an der Säbener Straße ein Jugend-Appartementhaus an, in dem 13 Einzelzimmer zur Verfügung stehen. Alle Mannschaften werden analog dem Equipment des Lizenzspieler-Teams ausgerüstet.